Šakių ,,Varpo“ mokykla bendradarbiauja su VšĮ ,,Ridikėlių mokyklėlė“, VšĮ paramos vaikams centru, VšĮ „Gelbėkit vaikus“ organizacija, VšĮ ,,Gyvenimo universitetas LT“, VšĮ ,,Robotikos akademija“, VšĮ ,,Baltijos jūrų skautai“, Šakių rajono savivaldybės visuomenės sveikatos biuru, Šakių rajono socialinių paslaugų centru, Šakių rajono ŠPT, Šakių rajono policijos komisariatu.
Tęsiasi bendradarbiavimas su Lietuvos aklųjų ir silpnaregių ugdymo centru ir viešąja įstaiga ,,Vaiko labui“, Šakių sporto klubu ,,Audra“ ir Kauno valstybiniu lėlių teatru.
Mokykla bendradarbiauja su Marijampolės, Jurbarko, Prienų, Raseinių, Kretingos, Kauno švietimo centrais, UAB „Šviesa“, leidyklomis „Briedis“, „TEV“, „Šviesa“, „Nieko rimto“, „Presvika“, „Literrula“, asociacija ,,Gyvoji planeta“, Vytauto Didžiojo universitetu. Bendradarbiavimas su švietimo centrais ir leidyklomis mokytojams suteikė galimybę visapusiškai tobulinti kompetencijas. Kviesti lektoriai mokykloje ir nuotoliniu būdu skaitė pranešimus aktualiomis temomis mokytojams, tėvams, mokiniams. Tai leido plėtoti socialines galimybes, kurti saugią ir sveiką ugdymosi aplinką, ugdyti mokinių prevencinį sąmoningumą.
Mokykla dalyvauja Kokybės siekiančių mokyklų ir Lietuvos iniciatyvių mokyklų klubų, pagrindinių mokyklų asociacijos veiklose.
Mokinių kūrybiškumą, iniciatyvumą, saviraišką, skaitymo bei pažinimo kompetencijas padėjo lavinti mokyklos bendradarbiavimas su įvairiais socialiniais partneriais.
Vienas iš reikšmingiausių partnerių yra Zanavykų muziejus. Čia vykdomose edukacinėse programose noriai dalyvavo nemažai mokinių. Mokiniai dalyvavo edukacinėse programose ,,Baltų raštai ir ženklai“, „Kraitinės skrynios ir suvenyrinės skrynutės“, ,,Tradiciniai žaislai“, ,,Zanavykų tautinis kostiumas“, „Tarmių lobynai“, „Tramtatulis“, ,,Velykų margutis margas“, „Žvakių liejimo edukacija“, ,,Suvalkijos padangėje“, ,,Zanavykiška segė“, ,,Tradiciniai darbai ir žaidimai“, ,,Prakartėlė“. Mokyklos bendradarbiavimas su Zanavykų muziejumi padėjo susipažinti su savo krašto istorija, puoselėti tradicijas, plėtoti mokinių kūrybines galias.
Mokykla glaudžiai bendradarbiauja su Šakių rajono savivaldybės viešąja biblioteka, ypač su vaikų skyriumi. Mokykla bendradarbiauja su Šakių LIONS klubu.
Mokyklos mokiniai ir mokytojai noriai įsitraukė ir į kitų mieste bei rajone veikiančių įstaigų ir organizacijų renginius, projektus, konkursus. Bendradarbiauta su Šakių rajono apylinkės teismu, Šakių priešgaisrine gelbėjimo tarnyba, LK KASP Dariaus ir Girėno apygardos 2-osios rinktinės Šakių 205 pėstininkų kuopa, Lietuvos kariuomenės Sausumos pajėgomis, Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių sąjungos V. Kudirkos Marijampolės (apskrities) skyriumi.
Aktyvi mokinių ir mokytojų veikla vyksta kartu su Šakių miesto ir rajono bendruomenėmis. Girėnų bendruomenės centras mokytojus, mokinius bei jų tėvus įtraukia į kalendorinių ir sportinių švenčių bei projektų organizavimą. Šakių ir Kukarskės globos namus kalėdiniu laikotarpiu lanko mokyklos mokiniai. Pradinių klasių mokiniai trečius metus dalyvauja Šakių jaunimo kūrybos ir sporto centro projekte „Mokėk plaukti ir saugiai elgtis vandenyje“, kurio metu vaikai įgijo saugaus elgesio vandenyje įgūdžių, išmoko plaukti. Kūrybines kompetencijas mokiniai ugdo dalyvaudami Kauno lėlių teatro spektakliuose, aktorių mokykloje rengtose edukacinėse pamokose ir parodose.
Tęsiasi bendradarbiavimas su kitomis švietimo institucijomis: Šakių „Žiburio“ gimnazija, Šakių lopšeliu-darželiu, Šakių meno mokykla, Kauno maisto pramonės ir prekybos centru, Raseinių Šaltinio progimnazija. Bendradarbiaudami su šiomis institucijomis mokiniai ir mokytojai dalijosi patirtimi, įgijo bendravimo, bendradarbiavimo patirties, mokiniai ugdėsi socialines, komunikavimo, pažinimo, iniciatyvumo ir kūrybingumo, karjeros ir asmenines kompetencijas.
Socialinių partnerių tinklą praplėtė Joniškio Skaistgirio gimnazija, Pilviškių „Santakos“ gimnazija.
Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su kaimo turizmo sodyba Rezidencija ,,Grįžulo Ratai“.
Mokytojai veda šiuolaikiškas pamokas, naudojasi „EDUKA“ klase, EMA skaitmeninėmis mokymo(si) aplinkomis. Bendradarbiaujame su UAB „Ateities pamoka“.
Įgyvendindami Kokybės krepšelio mokyklos veiklos tobulinimo projektą, pasirašėme sutartis su UAB ,,Refleksija“ ir UAB ,,Forvard education tools“. Šis bendradarbiavimas padėjo kelti mokytojams kvalifikaciją, paruošė mokomąją medžiagą ir ugdymo procese įdiegė reflektavimo programėlę „Reflectus“ bei internetinę mokymo(si) platformą ,,Scoolsy“.
Pasirašyta socialinės partnerystės sutartis su Sostinės vaikų ir jaunimo centru vykdyti projektą ,,Mokymas būti“.
Bendradarbiaujama su VšĮ ,,Vaikų linija“, kurios pagalba įdiegiama mokykloje prevencinė programa 5-8 klasėms ,,Friends“.
